Den Danske Naturfond er stiftet af den danske stat, VILLUM FONDEN og Aage V. Jensens Naturfond. Fonden er stiftet på baggrund af en principaftale, som blev indgået i december 2013 mellem stifterne om etablering af et offentligt-privat partnerskab. Med aftalen stillede staten, VILLUM FONDEN og Aage V. Jensen Naturfond henholdsvis 500 mio. kr., 250 mio. kr. og 125 mio. kr. til rådighed for Den Danske Naturfond. Derudover indbetaler staten 49 mio. kr. til fonden i driftstilskud. Driftstilskuddet sikrer, at alle fondens øvrige midler og donationer, vil blive anvendt til naturprojekter. Fonden arbejder for at forbedre naturtilstanden og vandmiljøet. Herudover er det et selvstændigt formål for fonden at styrke den folkelige opbakning til arbejdet med naturgenopretning og -beskyttelse.